用途广泛的软件包，一个高度通用的，进行和分析粗粒度原子模型或珠簧模型的分子动力学软件包

一个c++库,实现了晶格玻尔兹曼模拟这一应用广泛的计算流体动力学问题

高效能的计算仿真工具, 工程师能够根据自行定义多种物理模型,应用於各种不同的工程领域

序列组装程序

一套广为应用的并行分子动力学模拟软件，是主要用来研究大分子体系的高性能分子模拟软件

一个由python编译实现的的晶体声子分析程序，基于第一性原理的声子计算软件的免费软件

一款通用的经典分子动力学软件，能方便地在分布式存储并行计算机上对大分子、聚合物、离子系统和溶液进行分子动力学模拟

一款很经典的构建进化树的软件

开发的多物理场模拟软件，可进行基于有限元方法的流体力学、结构力学、声学、热力学模拟

一个极为流行的宇宙学模拟程序

面向对象的有限元多物理场环境模拟软件，主要用于解决多尺度非线性的地球科学和工程力学问题

一款商业软件,但是如果只是科研用途的话,可以直接从其网站上下载到编译好的程序

（UStc的基于原子轨道的从头计算）是一个开源计算机代码目标是从第一原理开始的大规模电子结构模拟

基于密度泛函理论计算总量的程序

免费的开源软件包，用于计算串行和并行计算机上的频带结构，色散关系和周期性介电结构的电磁模式

用于拼接短序列组装

结构力学数值模拟的免费软件，主要由EDF研发部门的“机械和声学分析”部门开发

分子动力学相关的一些计算和模拟工作

Kuntz研究小组发展的分子对接程序，可能是目前应用最为广泛的分子对接程序之一

主要应用于执行配体—蛋白分子对接

中尺度天气预报模式

一般性分子动力学软件,对生物体系略有偏重，优点支持多种模型

基于密度泛含理论，采用赝势和平面波基矢的方法来处理由电子和核所组成的体系

曙光5000A，0.4Pflops，上海重要的信息技术基础设施

一款赝势实空间软件包，用于含时电磁场下的一、二及三维有限系统的电子-离子动力学模拟

欧洲分子生物学开放软件包,一个开源的序列分析软件包

一款利用最大似然法对DNA或蛋白质序列进行系统发育分析的软件包

能最全面、最易于使用、效率最高而且完全开源免费的波函数分析程序

专门适用于海洋或者海岸工程

专门为高度并行而设计的N体数值模拟程序，利用MPI和OpenMP两层并行结构对N体问题Particle-Mesh算法进行加速